До середины XVIII века село состояло из двух деревень — Денисовки и Мишанинской, последнюю из которых присоединили к самой Денисовке. Тогда же (в 1726-1765 годах) была построена каменная Дмитриевская церковь, и населенный пункт стал селом. Современное название село получило в 1911 году, когда широко отмечалось 200 лет со дня рождения самого известного уроженца села — Михаила Васильевича Ломоносова. С 2006 года по 2014 год Ломоносово было административным центром Ломоносовского сельского поселения. Сейчас село Ломоносово входит в состав муниципального образования "Холмогорское".
В селе есть памятник М.В. Ломоносову, историко-мемориальный музей М.В. Ломоносова, церковь Дмитрия Солунского, библиотека, Дом Культуры, кафе и школа. Село известно, как родина северного промысла Холмогорской резьбы по кости. В настоящее время ГБОУ НПО "ПУ № 27 им. Буторина" обучает студентов навыкам Холмогорской резьбы по кости, дает мастер-классы (по предварительной записи).
Телефон Главы МО "Холмогорское": 34-158, телефон музея: 37006. Актуальное расписание паромной переправы можно найти на сайте администрации МО "Холмогорский муниципальный район".