Das Pinega-Naturreservat ist das erste Naturreservat in der Unterzone Nordtaiga auf dem Territorium der Osteuropäischen Ebene. Es schließt ein Terrain der typischen Dunkelnadelwälder der Unterzone Nordtaiga und das einmalige, nur auf dem Ostrand des Weißmeer-Kuloi-Plateaus erhalten gebliebene, Lärchenstämme ein.
Im Reservat sind alle für das Karstrelief typischen Formen vertreten. Grund, Boden, Gewässer des Reservats sind wirtschaftlicher Nutzung für immer entzogen.
Das Naturreservat erfüllt die Funktion eines Musters der Nordtaiganatur, eines Terrains zur Aufbewahrung von Relikten der Eiszeitpflanzen und hat die Funktion des Zentrums für komplexe Erforschung der Zustandsänderungen in den Wäldern des europäischen Nordens.
Im Naturreservat und in der Schutzzone befinden sich etwa 90 Höhlen. Ihre Gesamtlänge beträgt 45 Kilometer. Die grössten Höhlen sind Kumitschewskaja (6250 Meter) und Konstituzionnaja (6130 Meter). Die Länge der Höhle "Golubinskij Prowal", die besonders passend für die touristische Besichtigung ist, beträgt 1622 Meter.
Die Entwicklung der Karsterscheinungen bedingte den Reichtum und die Einzigartigkeit der Tier- und Pflanzenwelt des Naturreservats. So wachsen im Bezirk Pinega der Gelbe Frauenschuh (Orchidee), Arnica alpina, Pinega Gipskraut, Sibirisches Adonisröschen, Pfingstrose - alle diesen Pflanzen sind in die Rote Liste gefährdeter Arten eingetragen. Hier sind 23 Arten der seltenen Tiere vertreten, darunter auch seltene Schmetterlinge: Schwarzauge Apollo und Schwalbenschwanz.
Der Fluss Sotka durchschneidet das Naturreservat und bildet auf seinem Territorium ein 30 Kilometer langes Flusstal. Das Flusstal sieht wie ein Kanjon mit steilen Felsenufern aus. Die Höhe der Ufer beträgt mehr als 40-60 Meter, der Fluss hat reißende eine Strömung, Stromstellen und Stromübergänge wechseln mit ruhigen Flussstrecken. Im Naturreservat gibt es mehr als 400 Seen.