Согласно агиографическому житию преподобного Иова Анзерского ему во сне явилась пресвятая Богородица с преподобным Елеазаром Анзерским, которая благословила основать новую обитель на высокой горе острова Анзерского.
15 июля 1713 года архиепископ Холмогорский Варнава своей грамотой благословил устройство скита, а также строительство каменных храмов. Но из-за недостатка средств, вместо каменных храмов была построена деревянная церковь. К церкви дополнительно были пристроены колокольня, паперть и трапезная. После смерти схимонаха Иисуса Анзерского скит приходит в запустение.
В 1723 г. он был объединен с Троицким скитом, а в 1764 приписан к Соловецкому монастырю. "Ведомость о монастырях" от 1781 года сообщала, что в скит опустел. Возрождение скита произошло только в начале XIX века и связано с деятельностью соловецкого архимандрита Досифея.
В 1923—1937 годах на территории скита располагалось отделение Соловецкого лагеря особого назначения.
В 1994 году у подножия горы Голгофы был установлен поклонный крест в память православных иерархов, содержавшихся в заключении на Анзерском острове. В 1998 году был построен небольшой келейный корпус. В 2000 году были обретены мощи преподобного Иисуса Анзерского. К 2001 году отреставрирован Воскресенский храм у подножия горы Голгофы, к 2008 — каменный храм Распятия Господня на её вершине.