В XVII в. в Исааковской пустыни стояла деревянная часовня во имя Исаакия Далматского, давшая название пустыни. В XVIII в., благодаря тому, что вокруг располагались богатые рыбой озера, пустынь стала центром рыболовства.
В XIX в. в пустыни был построен двухэтажный деревянный келейный корпус со службами, позднее – деревянный дом (сгорел зимой 2007 г.). В начал XX в. Исааковская пустынь получила устав скита.
В советское время пустынь была центром лесозаготовок, а затем использовалась под жилье. В 70-е гг. XX в. скит был передан под базу отдыха архангельскому предприятию, а в начале XXI в. он находился в частной собственности.
В 2006 году в Исаково был установлен шестиметровый поклонный крест.
Пешком, на велосипеде или автомобиле 12 километров по северной дороге (на Секирную гору), за два километра до Секирной горы повернуть налево (есть указатель).