Время основания монастыря относится к 1535 году, когда двумя преподобными Лонгином и Симоном здесь были построены часовня и деревянная церковь в честь святого Николая Мирликийского чудотворца. Отсюда и название монастыря - Николаевский. Коряжемский - от речки Коряжемка, в устье которой он расположен.
В 1918 году монастырь закрыли, монахов расстреляли. На бывших монастырских землях возникли колхозы. На его территории устроили детдом-коммуну, потом управление треста "Котласбумстрой". В 1927 году Николо-Коряжемский монастырь закрыли окончательно. Благовещенский собор с колокольне разрушили в 1933 году.
В 1989 году решением Горисполкома церковный комплекс бывшего монастыря передан Коряжемской православной общине. Его отреставрировали и обнесли новой оградой. В 1991 году восстановлены стены патриарших палат, а также часовня над святыми (или царскими) вратами.
В 1997 году начали восстановительные работы на Спасской церкви и воздвижение купола с крестом. Ныне на месте бывшего монастыря создан приход храма Лонгина Коряжемского.
В настоящее время на территории монастыря сохранились следующие постройки: Николаевский собор и Архиерейские палаты, Спасская церковь, колокольня, надкладезная часовня, часть бывшей монастырской ограды с кельями и главными воротами.