Обитель была основана в 1640 году двумя монахами Ошевенского монастыря Сергием и Лонгином.
В 1764 году в ходе секуляризации церковных земель, предпринятой Екатериной II, монастырь упразднили, а его церкви вошли в Хергозерский приход.
В 1786—1790 годы перестроили Введенскую церковь появился пятиглавый каменный храм с приделом Николая Чудотворца; в 1868 году вместо сгоревшего в 1857 году деревянного Троицкого храма выстроили каменный с тремя престолами: Троицким, Макарьевским и Борисоглебским.
В 2008 году на территории монастыря начались восстановительные работы.
В 2009 году между Кенозерским национальным парком и приходом церкви Рождества Иоанна Предтечи в городе Каргополь был заключён договор о совместном поддержании и использовании земель Макарьевской Хергозерской пустыни, о возрождении традиций православия.
В августе 2013 года небольшая группа добровольцев, художников из Москвы, вместе с клириком каргопольского храма Рождества Иоанна Предтечи иереем Михаилом Бузынкиным очистили дорогу к пустыни.
В ноябре 2013 года завершился ремонт алтарной части Троицкой церкви. Строительные материалы предоставил Кенозерский национальный парк.