Девственные леса - основной компонент Парка. Главные древесные породы - сосна обыкновенная, ель европейская и сибирская, береза пушистая и бородавчатая, осина, лиственница сибирская. Обычный возраст деревьев 200-250 лет. Некоторые экземпляры достигают 350 и более лет.
Водный фонд - это 383 озера, из них основными являются: Водлозеро, Лузское, Монастырское, Нельмозеро (площадь свыше 10 км²), 21 озеро имеют площадь от 1 до 10 км². Количество рек на территории парка - 240, 12 из них имеют длину больше 30 км. Озеро Водлозеро дало название Парку.
Одним из феноменов Водлозерского парка является высокая степень его заболоченности - более 40 процентов. Это свыше 230 тыс. га болот и топей. Такая крупная болотная система является загадкой, ведь территория Парка расположена к югу от кряжа Ветреный пояс на относительно высоком (150-200 м над уровнем моря) плоском плато.
Национальный парк «Водлозерский» был создан в 1991 году решением Правительства России для сохранения природного и историко-культурного наследия, проведения научных исследований, организации экологического просвещения и туризма.
Административный центр Парка расположен в г. Петрозаводске. Территория разделена на два филиала: Онежский (Онежский район, Архангельская область) и Водлозерский (Пудожский район, Республика Карелия). Офис Онежского филиала находится в г. Онега.