Музей основан в 1925 году. Первым директором был Н.А. Наконечный. В 1950-е музей был закрыт за отсутствием помещений. В 1960-е открыт усилиями краеведов. С 1976 года народный музей вместе с комплексом историко-архитектурных памятников на Кий-острове был реорганизован в Онежско-Кийский филиал Соловецкого государственного историко-архитектурного и природного музея-заповедника (СГИАПМЗ).
В 1987 г. Онежский музей стал филиалом Архангельского областного краеведческого музея (АОКМ). А в 1988 г., в связи со 100-летием полярного капитана и исследователя А.С. Кучина, получил статус историко-мемориального музея.
Музей своими коллекциями и экспозициями отражает особенности края: Онежское поморье с промыслово-торговой деятельностью отличалось от внутренних земледельческо-скотоводческих волостей Поонежья. Между ними находились торгово-ремесленные поселения низовий Онеги с чертами городской мещанской культуры. Народное искусство и основанное на нем религиозное искусство раскрывают духовную жизнь населения края.
Интерес представляют коллекции семьи онежанина конца XIX - нач. XX вв. Негодяева Г.Н. и онежской вышивки, клад 1916 года, а также коллекция мемориальных вещей А.С. Кучина - известного полярного исследователя, океанографа.
Основным направление экспозиционной деятельности музея является создание временных выставок. В данный момент в музее работают выставки: "Строим дом", "Листая прошлого страницы", "Морские промыслы", "Письмо нитками", "Краски родного края"
Режим работы:
Основное здание: понедельник-суббота с 9.00 до 18.00 (обед с 13.00 до 14.00).
Дом-музей А.С. Кучина: среда-воскресенье с 10.00 до 18.00 (обед с 13.00 до 14.00)
Из Архангельска до Онеги можно добраться на поезде, автобусе, маршрутном такси или на автомобиле.
На автобусе: № 530 «Архангельск-Онега». Телефон для заказа билета: +7 921-242-56-05
На поезде: Между Архангельском и Онегой курсирует поезд «Орлан». Из Архангельска в Онегу поезд ходит ежедневно, кроме субботы. Из Онеги в Архангельск ежедневно, кроме воскресенья.
Поезд № 7153 в 19:17 из Архангельска, прибывает в Онегу в 23:28. Поезд № 7151 в 02:27 из Онеги, прибывает в Архангельск в 06:40
На автомобиле: из Архангельска по Северодвинской трассе, далее поворот налево в сторону города Онеги (далее по указателям). Расстояние — 207 км.