Монастырь основан преподобным Нифонтом и Серапионом в 1560 году. 30 сентября 1585 года Иван Грозный специальной грамотой пожаловал обители Лопский остров на Кожеозере, а вокруг него «матерой земли о четырех верст». На сегодня считается самым труднодоступным из действующих монастырей России. В 1999 году деятельность монастыря была официально возобновлена. Воссоздаётся надвратная церковь обители.
1. Сначала нужно добраться поездом до станции Нименга. Из Москвы можно доехать любым поездом до г. Вологда, а оттуда в 14 часов поездом «Вологда – Мурманск» до станции Нименга. Другой вариант: поезд «Москва – Архангельск» (до станции «Обозерская»), далее поездами местного сообщения до станции Нименга (расписание часто меняется).
2. От станции Нименга на попутном лесовозе нужно проехать80 км до лесной тропы, ведущей в монастырь. Обычно лесовозы начинают ходить с 6 утра (кроме воскресений и праздничных дней).
3. Путь по тропе до монастыря составляет 30 км. Сестрам добираться по тропе до обители самостоятельно не благословляется! У начала тропы их встретит провожатый из монастыря, для чего необходимо заранее сообщить о времени своего прибытия в Нименгу.
Со второй половины мая и до середины августа путь по тропе можно за день пройти пешком, поскольку болото в этот период обычно более сухое (не считая периоды дождей), а значит, идти легче. Начало тропы вырублено, поэтому около 2-3 км надо пройти по глинистой дороге и на развилке пойти вправо. Через 30 метров начнется тропа, которая на всем протяжении помечена затесками, выкрашенными красной или желтой красками. По дороге через 8 и 9 км есть избушки, в которых можно остановиться для отдыха или ночлега.